При перестройке церкви свв. Космы и Дамиана в Старых Панех в 1803 г. под вновь выстроенным южным приделом за колокольней на западном фасаде был устроен подвал площадью 4 ¾ кв. саж. (21,6 м²) с низким крытым входом. Ниже на геометрическом плане 1806 г. этот подвал обозначен знаком «Э».

Подвал состоял из трех палат, перекрытых цилиндрическим сводом. На южной стене располагались два окна с приямками* для загрузки товара снаружи и распалубками* внутри подвала. Помещения имели в верхней точке арочного свода высоту 250 см¹.

Второй, более поздний вход в подвал был, как видно на плане 1890 г., в южной части восточного фасада².

Церковный подвал сдавали внаем. В 1830 г. доход церкви от аренды подвала составил 420 р. ассигнациями. Из этой суммы половина денег пошла на содержание церкви, другая половина — клиру³.

В конце 1830-х гг. подвал арендовал московский купец 3-й гильдии Петр Иванович Поцци. Его отец Иван Поцци (Jean Pozzi), итальянец из Болоньи, состоял в московском купечестве с 1793 г. и занимался комиссионной торговлей⁴.

В 1840-х гг. подвал снимал «для поставки виноградных вин» потомственный почетный гражданин, московский купец 2-й гильдии Иван Тимофеевич Морозов. Его платеж за пользование подвалом составлял 125 р. серебром в год⁵.

С 1868 г. долгое время арендаторов не было. В 1900 г. подвал под церковью арендовал торговый дом «Д. Г. Дурнов и Н. И. Кострюков и К^o», основанный в 1899 г. Николаем Ивановичем Кострюковым и Дмитрием Гавриловичем Дурновым, торговавшими шерстью и бумажными платками. Торговый дом занимал также одноэтажное строение с деревянной пристройкой к востоку от церкви (на его месте позднее, в 1911—1913 гг., построили новый церковный дом). Аренда этих помещений давала церкви Космы и Дамиана 2100 р. годового дохода⁶.

Николай Иванович Кострюков (1866−1924) в 1913 г. стал московским купцом 2-й гильдии (в это время правление его торгового дома располагалось в Носовском подворье), а 1 февраля 1915 г. его избрали церковным старостой храма Космы и Дамиана⁷.

6 октября 1911 г. Управление Технической частью при Московском градоначальнике одобрило проект постройки под всей свободной территорией двора церкви свв. Космы и Дамиана каменных подвалов, предназначенных для сдачи в аренду под склад товаров частным лицам. Предполагалось, что подвалы эти будут освещаться пятью иллюминаторами, а над лестницей для входа в них будет выстроен металлический остекленный тамбур на расстоянии 4-х саж. (8,53 м) от храма. Проект получил положительный отзыв Хозяйственного Управления при Святейшем Синоде и был утвержден Техническо-Строительным Комитетом в Санкт-Петербурге 18 сентября 1912 г., однако реализован не был⁸.

Вместо запланированных новых каменных подвалов вдоль восточной границы церковного участка в 1912—1913 гг. был построен новый трехэтажный церковный дом со своим подвалом. В конце 1912 г. дмитровский мещанин Константин Филиппович Пчелин арендовал новый церковный дом, а также снял под свой склад подвал под храмом. Аренда подвала под церковью и нового церковного дома давала храму в год 8.000 р. дохода⁹.

В августе 1926 г. часть подвала была снесена вместе с колокольней и частью храма¹⁰.

¹ ЦГА Москвы. ОХНТДМ. Ф. Т — 1. Оп. 4. Д. 1. Л. 1б; Волков А. Н., Лурье Б. Д., Тренин А. Б. Акт государственной историко-культурной экспертизы научно-проектной документации по сохранению объекта культурного наследия федерального значения «Церковь Косьмы и Дамиана в Старых Панах, 1564 г., 1640 г., 1803 г.» по адресу: г. Москва, Старопанский пер., д. 4, стр. 2. М., 2015. С. 7.
² ЦГА Москвы. ОХНТД. Ф. Т-1. Оп. 4. Д. 8. Л. 8.
³ ЦГА Москвы. Ф. 203. Оп. 744. Д. 1651. Л. 80 об.; Д. 2446. Л. 72.
⁴ Материалы для истории Московского купечества // Сост. Н. А. Найденов. Т. 4. Сказки 5-й ревизии. М., 1886. С. 456−457; Материалы для истории Московского купечества // Сост. Н. А. Найденов. Т. 8. Сказки 9-й ревизии. М., 1889. C. 186.
⁵ ЦГА Москвы. Ф. 203. Оп. 627. Д. 249. Л. 1 — 1 об.
⁶ ЦГА Москвы. Ф. 179. Оп. 62. Д. 1887. Л. 2; Справочная книга о лицах, получивших… купеческие и промысловые свидетельства по г. Москве на 1900 г. М., 1900. С. 189.
⁷ ЦГА Москвы. Ф. 1786. Оп. 1. Д. 907. Л. 49 об.
⁸ РГИА. Ф. 1293. Оп. 170. Д. 17. Л. 237 — 238.
⁹ ЦГА Москвы. Ф. 179. Оп. 63. Д. 1845. Л. 3; Оп. 62. Д. 1887. Л. 5; Справочная книга о лицах, получивших … купеческие и промысловые свидетельства по г. Москве на 1911 г. М., 1911. C. 224; Справочная книга о лицах, получивших … купеческие и промысловые свидетельства по г. Москве на 1913 г. М., 1913. С. 222.
¹⁰ ЦГА Москвы. ОХНТД. Ф. Т. — 2. Оп. 1. Т. 10. Д. 8993. Л. 67; ОР РГБ. Ф. 177. К. 7. Д. 18. Л. 50.